クリアケースなどの紙以外のプラスチックなどの箱は対応可能でしょうか?

ユポやA-PETなどのオフセット機に通る素材は対応可能です。
プラスチック類の箱は紙よりも高くなる傾向にありますので、ロットは多い目がおすすめです。
また、1~2個の場合はUVインクやラテックスインクのインクジェット機での印刷となりますので、最低でも5,000円程度はかかります。
どちらかというと中身が見えるPET窓やPP窓のように部分的にプラを使った紙の箱と貼り合わせたパターンがオススメです。(よくあるメガハウス様のONE PIECEのフィギュアの箱のような)(参考事例はコチラ)